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vendredi, août 19, 2022

Un « nouveau » variant découvert par l’IHU de Didier Raoult ? Récit d’un emballement

Quel est donc ce nouveau variant B.1.6.40.2, que l’Institut Méditerranée Infection (IHU) affirme avoir découvert et qui agite certains scientifiques et sites d’informations peu fiables depuis le début de la semaine ? « C’est un bruit de fond qui a malheureusement été amplifié, alors que la situation est déjà suffisamment anxiogène comme ça », regrette le généticien François Balloux, professeur et directeur de l’institut de génétique de l’University College de Londres, spécialiste de l’évolution des pathogènes, interrogé par L’Express. 

 

L’annonce remonte, en fait, au 9 décembre dernier. Ce jour-là, l’IHU, dirigé par Didier Raoult, publie un message sur Twitter dans lequel il affirme avoir détecté ce variant [issu de prélèvements du 25 novembre, NDLR] et avoir déposé sur GISAID – une plateforme qui collecte les informations sur différents variants de Sars-CoV-2 – le nom B.1.640.2. Les équipes de l’institut marseillais n’hésitent pas à le baptiser « variant IHU ». Le même jour, Philippe Colson, professeur en pharmacie et virologue à l’IHU, publie une demande – qu’il a supprimée depuis -, afin de séparer la lignée B.1.640 en deux branches : B.1.640.1 et B.1.640.2. 

A l’époque, l’annonce fait peu de bruit, hormis quelques articles français. Elle déclenche en revanche le scepticisme des spécialistes. Ces derniers révèlent notamment que cette découverte n’incombe pas à l’IHU. Comme on peut le voir sur le site Nextstrain – qui met en image les données de GISAID -, le variant B.1.6.40.2 a été découvert pour la première fois dans des prélèvements analysés par le laboratoire Cerba, le 25 octobre à Paris, avant d’être soumis début novembre sur GISAID… Un mois avant l’IHU. Et c’est une équipe anglaise dirigée par Thomas Peacock, virologue à l’Imperial Departement of Infectious Disease, qui a demandé la première (le 7 décembre) à séparer la lignée B.1.640 en deux branches B.1.640.1 et B.1.640.2. L’IHU n’est donc ni à l’origine de la découverte, ni de la nomenclature B.1.640.2. 

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Un article non vérifié mais repris par des sites peu fiables

L’IHU publie tout de même une pré-étude – qui n’a pas été relue ni vérifiée par des pairs – sur le site MedRxiv le 29 décembre, détaillant la découverte du variant B.1.640.2. Dans le document, signé notamment par Didier Raoult et Philippe Colson, les chercheurs reconnaissent que la découverte du variant et la désignation B.1.640.2 ne sont pas de leur fait, mais décident néanmoins de garder le nom « variant IHU ». Ce n’est pas la première fois que l’IHU se livre à de tels agissements, puisqu’il s’était déjà attribué la découverte du variant 20A.EU2 baptisé Marseille-4 en mai 2020, qui incombe pourtant à l’épidémiologiste Emma Hodcroft deux mois plus tôt. Et ils ne sont pas les seuls : l’hôpital Henri Mondor (AP-HP) s’était également attribué un variant, à tort, en 2021. Quoi qu’il en soit, la publication de l’IHU fait mouche, puisqu’elle est diffusée internationalement par des sites d’informations et des scientifiques peu fiables. 

« Une nouvelle lignée correspondant au variant IHU a été créée le 07/12/2021 et a été nommée B.1.640.2, l’ancienne lignée a été renommée B.1.640.1. Elle englobe plusieurs génomes, dont celui récupéré fin octobre 2021 en Ile-de-France et deux autres génomes obtenus à partir d’échantillon collectés fin novembre en Angleterre et au Pays de Galles.

Capture L’Express

« De nouveaux variants et lignées sont annoncés tous les jours, mais cette annonce a pris des proportions importantes en grande partie à cause d’articles publiés par des sites semi-médicaux thaïlandais [dont thailandmedical.news, le 2 janvier NDLR], qui citent des sources soi-disant officielles, mais totalement inventées, selon lesquelles plusieurs centaines de patients seraient infectées en France », s’agace François Balloux. La pré-étude de l’IHU ne fait pourtant état que de douze cas de B.1.640.2 dans notre pays. Et si les chercheurs marseillais s’inquiètent de la présence de 46 mutations et 37 délétions – perte d’un fragment d’ARN – du variant, ils ne disent rien de sa virulence, si ce n’est qu’un adulte l’ayant contracté a développé « des symptômes légers ». Les chercheurs de l’IHU précisent d’ailleurs qu’il faudra attendre d’obtenir plus d’informations avant de se prononcer sur sa dangerosité. 

« La nouvelle prend de l’ampleur quand un analyste Danois [Oliver Alexander, NDLR], publie une série de tweets le 2 janvier dans lequel il décide qu’il existe un signal inquiétant concernant B1.640.2, la nouvelle se propage et l’Organisation mondiale de la Santé intervient le lendemain afin de préciser qu’il n’y a, à ce stade, aucune raison de s’inquiéter », se rappelle Florence Débarre modélisatrice, chercheuse CNRS à l’Institut d’écologie et des sciences de l’environnement de Paris, également interrogé par L’Express. Toujours le 3 janvier, Tom Peacock indique sur Twitter que B1.640.2 a été découvert avant Omicron – qui s’impose face aux autres variants -, qu’il a été séquencé seulement 20 fois dans le monde contre 120 000 pour Omicron et qu’il n’a, de plus, pas été détecté depuis le mois de décembre. 

Mais le 4 janvier, l’épidémiologiste américain Éric Feigl-Ding, suivi par 700 000 abonnés sur Twitter, publie une série de tweets reprenant l’analyste Danois et suggérant que le « variant IHU » serait à l’origine d’une flambée de cas dans le sud de la France et entrerait « clairement en compétition avec Omicron ». De quoi agacer Tulio de Oliveira, le directeur du Center for Epidemic Response and innovation d’Afrique du Sud qui a découvert le variant Omicron. « Pas de panique s’il vous plaît […] Les lignées B.1.640.1 et 2 ont été séquencés seulement 400 fois contre plus de 120 000 fois pour Omicron. Les lignées B.1.640.X n’ont jamais remplacé Delta où que ce soit, veuillez vérifier vos informations ! », lance-t-il. Habitué des tweets hasardeux et alarmistes, Eric Feigl-Ding supprime finalement un de ses messages. 

« Si ce variant alimentait vraiment une vague de cas du sud de la France, on le verrait dans plus d’échantillons en France et dans d’autres pays, comme le Danemark ou le Royaume-Uni, où les capacités de séquençages sont particulièrement importantes, or on détecte en écrasante majorité Omicron et Delta, note François Balloux. « Le variant B.1.640.2 a pu représenter jusqu’à 5% des cas dans la région Provence-Alpes-Côte d’Azur au mois de décembre, avant de redescendre, ajoute Florence Débarre, qui a analysé les dernières données françaises de séquençage génétique dans la nuit de jeudi 6 à vendredi 7 janvier. Le variant Omicron et B.1.640.2 ne possèdent pas la position L452R, mais B.1.640.2 ne possède pas la position E484K, contrairement à Omicron, par élimination, j’ai obtenu la courbe vert foncée [celle du bas sur le graphique ci-dessous, NDLR] correspondant à la présence de B.1.640.2 dans les prélèvements français ». Le dernier dépôt d’un prélèvement contenant ce variant remonte au 26 décembre dernier, précise-t-elle encore. 

Des centaines de variants, peu de « variants préoccupants »

Comme le rappelle François Balloux, de nouvelles lignées et variants de Sars-CoV-2 sont découverts presque tous les jours dans le monde. En effet, le coronavirus mute très fréquemment à mesure qu’il se réplique. Mais toutes les mutations ne sont pas forcément bonnes ni mauvaises. C’est leur association entre elles qui peut accorder un avantage – ou un désavantage – au virus. Tous les variants ne sont donc pas inquiétants, ni intéressants. « Trois critères sont observés : une plus grande transmissibilité, une plus forte virulence – le variant entraîne plus d’hospitalisations – ou une capacité à échapper à l’immunité – le variant peut réinfecter plus facilement les hôtes -« , précise François Balloux. Après avoir évalué l’importance de chaque critère, les scientifiques classent les variants dans l’une des trois catégories : les très problématiques – aucun n’a encore été découvert à ce jour -, les préoccupants (VOC) – comme Alpha, Beta, Delta, Gamma et Omicron -, et ceux qui sont considérés comme potentiellement problématiques et qui doivent être surveillés. 

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Le « variant IHU », lui, ne possède aucune caractéristique lui permettant de rentrer dans la catégorie VOC, souligne Florence Débarre. « En revanche, la lignée B.1.640 est bien sous surveillance, elle a fait l’objet d’une mention dans un bulletin de Santé Publique France », ajoute la chercheuse. « Même si les mutations de ce variant sont assez atypiques, cela ne suffit pas à en faire une cause d’anxiété », confirme François Balloux. A ce jour, environ 7 millions de génomes du Sars-CoV-2 ont été séquencés génétiquement. Les spécialistes estiment que toutes les mutations individuelles ont été observées, mais pas toutes les combinaisons possibles. « Le Sars-CoV-2 n’a probablement pas encore exploré tout son potentiel adaptatif et il pourrait encore développer des combinaisons qui changeraient la dynamique de l’épidémie, mais ça reste très difficile à prédire », prévient le généticien qui s’attend, dans le futur, à l’apparition d’autres variants dont les mutations lui permettraient d’échapper à nos défenses immunitaires, à l’image d’Omicron. 

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