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dimanche, juillet 3, 2022

Sous-variant BA.2 d’Omicron : ce qu’en disent les scientifiques

C’est un sous-variant d’Omicron apparu il y a quelques semaines. Il est désormais suivi de près. La souche BA.2, très proche de la version initiale d’Omicron (BA.1), se diffuse un peu partout dans le monde et en premier lieu en Europe. Elle domine même au Danemark, représentant désormais 66% des souches de SARS-CoV-2, alors que ce pays très actif sur le séquençage est sujet à une très forte vague de contaminations.  

« Ce qui nous a surpris, c’est la rapidité avec laquelle ce sous-variant, qui a beaucoup circulé en Asie, s’est installé au Danemark », a déclaré à l’AFP l’épidémiologiste Antoine Flahault. « Le pays attendait un pic des contaminations à la mi-janvier; il ne s’est pas produit et peut-être est-ce dû à ce sous-variant, qui semble très transmissible mais pas plus virulent » que le variant originel, poursuit-il. 

Interrogé sur LCI, ce mardi, Olivier Véran, a évoqué l’exemple danois. « Ce que nous disent les Danois, c’est que c’est exactement le même variant qu’Omicron, à une différence près qu’il nous faut explorer, je n’ai pas de conclusions à faire à ce stade, qui est qu’on pourrait se recontaminer potentiellement au BA.2 même lorsque nous aurions été contaminés au variant Omicron », a expliqué le ministre de la Santé. Cela « pourrait conférer un avantage concurrentiel au BA.2 qui pourrait du coup circuler un peu plus largement », a ajouté le ministre. 

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Soixante cas détectés en France

Si les autorités sanitaires attendent d’en savoir plus, les traits de la souche « BA.2 » se dévoilent. Comme le note Le Monde, la séquence de son génome a été déchiffrée. « BA.2 porte moins de mutations que BA.1, notamment sur la protéine Spike », indique auprès du quotidien Etienne Decroly, virologue au CNRS (université Aix-­Marseille). On en sait également plus sur le site qui sert au virus de clé pour entrer dans les cellules humaines. Nommé RBD (« receptor binding domain »), il ne présente pas non plus de différences majeures sur BA.2. 

« Ce qui nous intéresse, c’est si (ce sous-variant) possède des caractéristiques différentes (de BA.1) en termes de contagiosité, d’échappement immunitaire ou de sévérité », a noté vendredi l’agence Santé publique France. A ce jour, le BA.2 a été détecté en France, « mais à des niveaux très faibles », a précisé l’agence, alors que le pays est l’un des plus touchés au monde par Omicron. Il est toutefois très difficile de savoir à quel niveau ce sous-variant circule en France. « La détection des mutations du SARS-CoV-2 par criblage ne permet pas, dans la plupart des laboratoires, de distinguer BA.1 de BA.2 », explique la spécialiste de biologie évolutive au CNRS Florence Débarre auprès du Monde. Pour faire cette distinction, il faudra modifier les cibles de criblage. L’autre méthode consiste à séquencer la totalité du génome viral, or « la remontée des données du séquençage en France n’est pas immédiate », ajoute la biologiste.  

Santé publique France précise que les autorités suivent « de près les données qui seront produites par le Danemark ». « Dans les études de séquençage que nous avons menées sur 10 000 séquençages en vie réelle la semaine dernière, c’était soixante cas, mais l’expérience Omicron nous a montré que 60 cas ça pouvait être des milliers de cas quelques jours ou semaines plus tard », a quant à lui précisé Olivier Véran. 

« Ce variant BA.2 a la couleur, l’odeur, le goût d’Omicron mais ce n’est pas exactement Omicron », a développé le ministre de la Santé, évoquant un « sous-lignage » d’Omicron, avec une mutation « sur la protéine qui est la clé d’entrée dans la cellule humaine ». Interrogé sur la situation du Danemark, Jean-François Delfraissy s’est montré prudent ce mardi sur France info. « Si ce petit cousin d’Omicron prend le pouvoir, ça veut dire qu’il est plus transmissible, toute la question posée va être sa sévérité », a-t-il expliqué. « On le regarde », « quel est son niveau de gravité ? Je ne le sais pas », a-t-il admis. 

Des scientifiques pas alarmistes

Si la plus ancienne séquence génomique de BA.1 date du 23 octobre 2021, celle de BA.2 date du 1er novembre, note Le Monde. Mais il a fallu attendre le 7 décembre pour que le sous-variant correspondant soit baptisé « BA.2 ». Prudents, les scientifiques ne semblent pas alarmistes. Pour Antoine Flahault, il est encore trop tôt pour s’inquiéter, même si la « vigilance » est de mise. « On a pour le moment l’impression qu’il est d’une sévérité comparable à Omicron mais de nombreuses questions sont encore sur la table », ajoute le directeur de l’Institut de santé globale de l’Université de Genève. Il invite à « mettre en place des techniques de criblage pour bien détecter » BA.2 et « voir rapidement quelles sont ses propriétés ». 

« Des observations très précoces en Inde et au Danemark suggèrent qu’il n’y a pas de différence majeure de gravité par rapport à BA.1 », a également tweeté Tom Peacock, virologue à l’Imperial College de Londres. Selon lui, les mutations observées ne devraient pas non plus remettre en cause l’efficacité des vaccins. 

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« Même avec une transmissibilité légèrement plus élevée » que la version classique d’Omicron, il ne s’attend absolument pas à un changement équivalent à celui qui s’est produit quand ce dernier variant a supplanté Delta. « Personnellement, je ne pense pas que BA.2 va avoir un impact substantiel sur la vague actuelle de la pandémie », a-t-il noté. Une étude danoise suggère que BA.2 ne provoque pas plus d’hospitalisations. Autre nouvelle encourageante, selon les auteurs de cette étude : « il est attendu que les vaccins conservent leur efficacité contre les formes sévères liées aux infections par BA.2 ».  

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