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dimanche, juillet 3, 2022

Covid-19 : pourquoi les tests antigéniques détectent un peu moins bien Omicron

Plus de 217 000 nouveaux cas le 29 mars, une moyenne de 136 000 infections par jour cette dernière semaine, un taux d’incidence et de positivité en hausse : la nouvelle vague de Covid-19 en France s’amplifie. Face à la recrudescence du virus, les Français utilisent de nouveau les tests massivement. Mais sont-ils toujours aussi efficaces pour détecter les sous-variants d’Omicron, BA.1 et surtout BA.2, devenu majoritaire en France ? 

La question se pose, alors que des biologistes et des patients rapportent régulièrement des cas de faux négatifs. « J’avais des symptômes, mais j’avais fait un autotest négatif. J’ai quand même demandé un test PCR en laboratoire deux jours après, et il est revenu positif », raconte par exemple Laurent, un Parisien de 45 ans. Certains tests seraient-ils devenus moins sensibles face à ces nouveaux virus ?  

Omicron ne se multiplie pas aux mêmes endroits

« La principale explication est liée au changement de tropisme des variants Omicron par rapport aux précédents dans notre organisme, c’est-à-dire l’endroit où ils se multiplient de façon préférentielle. Pour BA.1 – nous attendons encore la confirmation pour BA.2 – il s’agit de l’oropharynx, la zone du fond de la gorge, juste au-dessus de la trachée, alors que les précédents virus ciblaient en priorité le nasopharynx, en arrière du nez », explique le Pr Jean-Michel Pawlotsky, chef du service de bactériologie virologie de l’hôpital Henri-Mondor à Créteil. Avec deux conséquences notables : des angines douloureuses pour les malades, mais aussi un petit effet sur les résultats des tests, quand ils sont réalisés trop tôt : « Au tout début de l’infection, le patient va avoir beaucoup de virus au fond de la gorge, mais pas forcément autant dans le nasopharynx, même s’il est symptomatique », détaille cet expert. 

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En conséquence, les prélèvements nasopharyngés pour les tests antigéniques, ou nasaux pour les autotests, peuvent ne pas « récolter » suffisamment de virus, et revenir négatifs. Dans ce cas, conseille le Pr Pawlotsky, la meilleure solution est d’attendre un jour ou deux, et de refaire un test, « surtout si vous avez été en contact avec un malade, ou que vous avez des symptômes ». Mais pour le professeur de virologie, cette petite différence reste marginale, et elle ne justifie pas de remettre en cause l’intérêt des tests antigéniques ou des autotests, même avec des prélèvements nasopharyngés ou nasaux.  

Le pic de positivité est « plus étroit »

Membre du collectif Du côté de la science et chercheur en immuno-oncologie à Strasbourg, Eric Billy insiste lui aussi sur l’importance du moment où le test est réalisé. « Les faux négatifs – surtout pour les antigéniques – pourraient s’expliquer par le fait qu’ils sont effectués quand les personnes ne sont pas encore positives, confirme-t-il. Afin de diminuer le risque de faux négatif du fait d’un prélèvement trop hâtif, il faudrait s’isoler dès l’apparition de symptômes et faire un test deux jours plus tard, soit à J+5 après l’infection ». En effet, plusieurs études scientifiques suggèrent qu’avec Omicron, le pic de positivité intervient en moyenne entre 4 et 8 jours après une infection. « Ce pic est probablement plus étroit qu’avant – on est positif moins longtemps -, un phénomène favorisé par l’immunité acquise au fur et à mesure par le biais des contaminations ou de la vaccination », ajoute Maxime Sol, biologiste dans un laboratoire privé du groupe INOVIE. Selon lui, certaines personnes faiblement positives deviennent négatives à peine deux jours plus tard.  

Il existe, en France, deux types de tests virologiques. Les RT-PCR consistent à rechercher la présence de l’ARN du virus et l’analyse est faite par un biologiste dans un laboratoire de biologie médical. Les tests antigéniques visent, eux, à débusquer la protéine N (pour nucléocapside) du virus et peuvent être réalisés par un professionnel de santé, par exemple un pharmacien, ou chez soi, grâce aux autotests. Une hypothèse souvent évoquée pour expliquer les faux négatifs serait que les virus de la famille d’Omicron auraient trop changé par rapport aux anciennes souches de SARS-CoV-2 et que les tests peineraient à les repérer. Elle s’avère fausse.  

Concernant les tests RT-PCR, « cela semble peu probable », balaye Eric Billy. Même chose pour les tests antigéniques : « Nous avons comparé les performances des tests antigéniques par rapport à la PCR pour différents variants, et hormis celle éventuellement liée à la quantité de virus prélevée, nous n’avons pas noté de perte de sensibilité entre les variants Alpha, Delta et Omicron », explique le Pr Pawlotsky. Rien d’étonnant selon cet expert : « La protéine N du virus est une protéine structurale bien conservée, ce qui signifie qu’elle mute peu d’un variant à l’autre, contrairement à la protéine de surface, la spicule (protéine S ou Spike, ciblée par les vaccins). Cela pourrait arriver, mais cela n’a pas encore été le cas, donc les tests antigéniques continuent de la reconnaître », détaille-t-il.  

Des prélèvements de mauvaise qualité

Mais d’autres phénomènes pourraient jouer. « Nous avons parfois des bandes bien moins visibles qui apparaissent à l’ultime terme du temps de lecture, note Maxime Sol. Or, certains n’attendent pas jusque-là et lisent de façon moins attentive les tests », ce qui pourrait expliquer une partie des faux négatifs. Mais pourquoi les bandes sont-elles moins visibles et plus tardives ? « Si l’infection par BA.2 produit une grande quantité de virus – ce que suggère une étude préliminaire qui doit être confirmée -, cela voudrait dire que le variant ‘accroche’ moins aux anticorps des tests antigéniques, poursuit le spécialiste. Cela pourrait s’expliquer parce que les prélèvements sont moins propres, avec une prédominance de rhinorrhées [des écoulements de nez, NDLR] abondantes qui gênent la bonne reconnaissance du virus ». Une solution permettrait d’éviter cet écueil : « se moucher à fond avant le prélèvement », conseille Maxime Sol. La qualité du prélèvement reste, de toute manière, essentielle. Si BA.2 est moins reconnu par les tests, il convient alors de faire un véritable prélèvement nasopharyngé et non pas nasal. Et en cas de doute, mieux vaut passer par un test RT-PCR, dont la fiabilité reste supérieure.  

D’autant qu’un autre problème, déjà pointé avec les précédents variants, reste entier : les écarts de fiabilité entre les différentes marques de tests antigéniques aujourd’hui sur le marché. « Nous avons étudié 22 produits, et certains produisent encore trop de faux positifs ou de faux négatifs », constate le Pr Pawlotsky. Seulement voilà, il existe aujourd’hui plus de 200 tests commercialisés dans le monde : « Nous avions signalé certains problèmes aux pouvoirs publics, qui ont procédé à des retraits. Mais les laboratoires comme le nôtre n’ont pas les moyens de tous les évaluer », regrette-t-il. Seule solution, selon cet expert : que les pharmaciens regardent la littérature scientifique et achètent les produits pour lesquels des évaluations sont disponibles. 

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Enfin, une autre hypothèse pourrait expliquer que des personnes symptomatiques se testent et constatent un résultat négatif : la grippe. « Il y a un probable biais cognitif venant du fait que ce virus circule beaucoup en ce moment. Ainsi, sur 100 suspicions de Covid, nous avons environ 50 négatifs, 40 à 45 positifs et 5-10 grippes », souligne Maxime Sol. Ce qui, au final, ne fait guère de différence : quel que soit le virus, l’essentiel est de bien s’isoler, pour éviter de participer à la propagation de l’épidémie, et de contaminer des personnes fragiles.  

Stéphanie Benz et Victor Garcia

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