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jeudi, août 18, 2022

Covid-19, le bout du tunnel ? Pourquoi le virus n’a peut-être pas fini de nous surprendre

C’est LA question du moment. Celle qui soulève tous les espoirs d’un retour à une vie normale : 2022 sera-t-elle l’année où le Covid deviendra une maladie endémique qui ne perturbera plus nos sociétés ? Interrogé sur le sujet lors d’une conférence organisée dans le cadre du Forum économique mondial de Davos, Anthony Fauci, le conseiller médical de la Maison-Blanche, a douché les plus optimistes : « Il faut avoir l’honnêteté de dire que nous n’en savons rien. Ce sera le cas seulement si nous n’avons pas un nouveau variant résistant à l’immunité acquise jusqu’ici », a-t-il répondu. « C’est ce que nous espérons tous, a ajouté l’immunologue américain, mais le monde devrait se préparer au pire, même s’il n’est pas le plus probable ». 

Avec l’arrivée du variant Omicron, très transmissible, capable de contourner nos défenses immunitaires mais moins sévère que ses prédécesseurs, beaucoup voient l’opportunité d’atteindre une forme d’immunité collective. Sans que le Covid ne disparaisse – cela paraît désormais impossible – nous pourrions alors cohabiter avec lui, tout en nous trouvant à l’abri de ces grandes vagues de cas sévères qui perturbent les systèmes de santé et causent de nombreux décès. « C’est un scénario optimiste, qui a des fondements scientifiques sérieux, mais ce n’est pas le seul scénario », avertit toutefois l’épidémiologiste Antoine Flahault, directeur de l’Institut de santé globale à l’université de Genève (Suisse).  

Comme à chaque fois avec les virus, l’histoire se résume à la recherche d’un équilibre entre les propriétés intrinsèques de notre microscopique ennemi et les armes – les multiples facettes de notre système immunitaire – que nous dressons contre lui. Depuis deux ans, ce coronavirus nous a au moins appris une chose : il a plus d’un tour dans son sac. Au début de l’épidémie, la plupart des experts s’accordaient à dire qu’il ne mutait pas. Puis, à la fin de 2020, les premiers variants sont apparus. Ensuite, beaucoup évoquaient le risque de voir émerger des « mutants d’échappement », capables de transpercer le bouclier de notre immunité – pour mieux souligner qu’il s’agissait d’une hypothèse théorique. Mais Omicron est arrivé, avec sa capacité jamais vue jusqu’ici à nous réinfecter. Ce nouveau venu a déjoué tous les pronostics : alors que la plupart des experts s’attendaient à ce que le prochain variant descende de Delta, Omicron est né directement du virus apparu à Wuhan en Chine…  

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Des motifs d’espérance dans les caractéristiques d’Omicron

Difficile, dans ces conditions, de prévoir quelles nouvelles surprises le Sars-CoV-2 pourrait encore nous réserver. La circulation très intense d’Omicron lui laisse de nombreuses opportunités d’évolution – l’Organisation mondiale de la santé a ainsi récemment indiqué que l’apparition d’un nouveau variant plus dangereux n’était pas à exclure. « Il ne faut pas oublier qu’une partie importante de la population mondiale n’est pas vaccinée. Le virus a donc encore beaucoup d’espace pour évoluer dans un sens qui lui sera favorable », rappelle l’épidémiologiste et ancien directeur général de la santé William Dab. Pour autant, en examinant attentivement les caractéristiques d’Omicron et la façon dont il est apparu, beaucoup de scientifiques découvrent des motifs d’espérance.  

Premier d’entre eux, le tropisme d’Omicron pour les voies respiratoires supérieures plutôt que pour nos poumons, où les précédents variants faisaient des ravages. « C’est le résultat de l’évolution naturelle liée à l’interaction hôte virus. Nos anticorps neutralisants sont plus efficaces pour protéger les poumons, mais ils sont moins présents dans l’appareil respiratoire supérieur. Au fil du temps, les virus les plus aptes à se multiplier dans ces sanctuaires préservés de notre immunité ont donc été sélectionnés », explique Etienne Decroly, virologue et directeur de recherches au CNRS (université Aix-Marseille). Comme cette localisation préférentielle dans le nez ou la bouche rend aussi Omicron plus contagieux, toujours plus d’individus devraient être contaminés et immunisés. Ajouté à la vaccination, ce nouveau tropisme devrait donc s’accentuer au fil du temps – avec le bénéfice pour l’homme d’une moindre pathogénicité. « Du moins, c’est ce que l’on espère, car les processus d’évolution ne vont pas toujours directement vers ce qui serait attendu », note le chercheur.  

Omicron, premier d’une série de variants qui deviendraient toujours moins pathogènes ? C’est aussi l’hypothèse privilégiée par le Pr Alain Fischer, mais pour une autre raison. « Ce variant a probablement été sélectionné chez un individu immunodéprimé, chez qui il a accumulé des mutations favorables pour résister à la réponse immunitaire, sans toutefois tuer le malade. Cela implique qu’indirectement, cette évolution lui a fait perdre de la virulence. A présent, nous allons développer une immunité contre Omicron. Pour qu’un prochain variant soit sélectionné, il faudra à son tour qu’il soit très différent. Et donc qu’il ait beaucoup de mutations, ce qui, à nouveau, lui demandera du temps. Là encore, il ne faudra pas qu’il tue le malade chez qui il sera apparu, ce qui impliquera une moindre agressivité », expliquait récemment à L’Express l’immunologue et président du Conseil d’orientation de la stratégie vaccinale – tout en précisant à son tour qu’il s’agissait là « d’un raisonnement plausible, mais pas d’une certitude ». 

« Il y a toujours des évolutions auxquelles on ne pense pas »

Car le virus pourrait tout aussi bien prendre des chemins inattendus. Par exemple, faire un détour chez l’animal, qui lui permettrait de réapparaître ensuite sous une forme suffisamment différente pour déjouer notre immunité. Un peu comme ce qui arrive parfois avec la grippe : des souches auxquelles nous sommes habitués circulent, et tout d’un coup, un virus complètement nouveau émerge et relance une pandémie. « La différence, c’est qu’avec la grippe nous connaissons aujourd’hui les réservoirs animaux à surveiller, à savoir les élevages aviaires ou porcins. Si un nouveau virus apparaît, nous pouvons faire de la prévention avec des campagnes d’abattage dans les élevages aviaires. Pour le Sars-CoV-2, nous ne savons toujours pas comment le virus est passé de la chauve-souris à l’homme, donc nous ne savons pas où regarder », rappelle Etienne Decroly.  

Et il ne s’agit là que d’une possibilité parmi sans doute beaucoup d’autres. « Il y a toujours des évolutions auxquelles on ne pense pas. Le virus pourrait acquérir la capacité à générer plus de mutations, en arrêtant de corriger ses erreurs lors de la phase de réplication », indiquait récemment Bruno Canard, directeur de recherche au CNRS (université d’Aix-Marseille) et spécialiste des coronavirus. Le Sars-CoV-2 dispose donc encore de bien des ressources. Les humains, de leur côté, se trouvent tout de même en meilleure posture qu’en 2020, au moins dans les pays riches. Les vagues successives couplées à la vaccination ont considérablement renforcé nos défenses immunitaires face au virus. Si les anticorps neutralisants, un des premiers remparts pour bloquer l’ennemi, s’affaiblissent au fil du temps et des variants, l’immunité dite « cellulaire », qui protège des formes graves, paraît plus solide. « Les anticorps s’attaquent aux molécules de surface du virus, qui mutent beaucoup, alors que ce deuxième bras de notre immunité cible des parties moins variables des protéines virales », détaille Etienne Decroly. 

Et de fait, cette immunité cellulaire si précieuse n’a pas jusqu’ici réellement été prise en défaut : vaccins et infections continuent de réduire le risque d’hospitalisations et de décès. « Chaque nouvelle vague pourrait même la renforcer », souligne Antoine Flahault. Nombre de chercheurs espèrent donc aujourd’hui qu’elle suffira à nous protéger des formes graves en cas d’apparition de nouveaux variants. Beaucoup dépendra bien sûr de sa durée. « Si l’on se réfère à la grippe, elle pourrait se maintenir très longtemps. On l’a vu avec le virus H1N1 qui a causé la pandémie de grippe espagnole de 1918 et qui a ensuite circulé jusqu’en 1957 : quand un virus similaire est apparu en 2009, toutes les personnes nées en 1957 étaient encore protégées », rappelle le Pr Antoine Flahault. Mais le parallèle n’est pas si rassurant qu’il en a l’air : si H1N1 a disparu en 1957, c’est parce qu’il a été remplacé par un nouveau virus grippal contre lequel l’humanité n’avait pas d’immunité. Il a son tour déclenché une pandémie, qui a fait plus de 2 millions de morts… « Ce côté imprévisible devrait tous nous concerner », a insisté le Dr Richard Hatchett, président de la Cepi (Coalition pour les innovations en matière de préparation aux épidémies), lors du Forum économique mondial. 

L’IA pour repérer plus vite les nouveaux variants dangereux

Ces émergences restent toutefois rares, au moins pour ce qui concerne la grippe, et beaucoup anticipent donc plutôt une évolution vers une relation plus apaisée avec le Sars-CoV-2. Par exemple vers des épidémies saisonnières nécessitant de protéger les personnes fragiles. Ou, comme pour les autres coronavirus endémiques chez l’homme, un virus qui deviendrait bénin, ne donnant plus que des angines ou des rhumes. Reste à savoir quand… Interrogé sur ce sujet lors d’une récente conférence de presse de l’ANRS-MIE (agence nationale de recherche sur le sida et les maladies infectieuses émergentes), le Pr Arnaud Fontanet, responsable du département de santé globale de l’Institut Pasteur et membre du Conseil scientifique Covid-19 a indiqué que ces scénarios pourraient survenir « dans un délai d’un à cinq ans »… 

En attendant, face à la menace encore présente de voir surgir de nouveaux variants au potentiel pandémique, le monde continue de s’armer. Développement de vaccins innovants, tests et capacités de séquençage pour surveiller le virus restent à l’ordre du jour. Et un nouvel outil vient de s’ajouter à cette liste : l’appel à l’intelligence artificielle pour repérer le plus tôt possible d’éventuels mutants dangereux dans la masse de ceux qui émergent chaque jour. C’est le pari de la société BioNTech, qui a mis au point un des vaccins à ARN messager. Ses dirigeants se sont associés avec une société française, Instadeep, spécialisée dans l’IA et le big data : « Quelque 12 000 séquences nouvelles sont déposées chaque semaine dans les bases de données internationales. Personne ne peut toutes les examiner », explique son dirigeant, Karim Beguir, qui assure avoir pu repérer très en amont douze des treize variants préoccupants. De quoi, peut-être, à l’avenir, pouvoir sonner l’alerte avant que le virus ne se diffuse trop et essayer de circonscrire tout nouvel incendie. 

« En réalité, à ce stade, nous sommes confrontés à trois inconnues majeures : l’émergence de variants résistants à l’immunité déjà acquise, mais aussi le devenir respectif d’Omicron et de Delta », rappelle le Pr Renaud Piarroux, chef de service de parasitologie à l’hôpital de La Pitié-Salpêtrière à Paris (AP-HP) et chercheur à l’Institut Pierre Louis d’épidémiologie. On entend beaucoup qu’Omicron devrait supplanter Delta, comme Delta avait fait disparaître Alpha, Bêta et Gamma. Mais pour le Pr Piarroux, cette évolution n’est pas gravée dans le marbre.  

Si Omicron représente 92% des cas positifs, il reste quand même chaque jour en France plusieurs dizaines de milliers d’infections avec Delta. « Omicron est tellement contagieux qu’il pourrait très rapidement ne plus trouver de personnes à infecter. S’il finit par disparaître, et que Delta persiste, on retournerait à la case départ », imagine le médecin. Des premières études avaient montré qu’une infection à Omicron protégeait contre Delta, mais des résultats plus récents, encore non publiés mais évoqués par l’OMS, montrent une réalité plus complexe.  

A ce stade, il paraît donc difficile d’affirmer que le virus va rapidement devenir endémique. « La caractéristique d’une endémie, c’est que l’on peut prévoir sa dynamique. On en est loin », soulignait récemment le modélisateur Samuel Alizon sur France Culture. Sans oublier que les grandes maladies endémiques qui sévissent aujourd’hui se nomment tuberculose, paludisme et VIH. Elles continuent à faire des centaines de milliers de morts chaque année dans le monde. 

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