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vendredi, juillet 1, 2022

Covid-19 : ce que l’on sait sur les variants de la famille « X »

Si le variant BA.2 (Omicron) est actuellement le plus répandu en France, la surveillance se poursuit afin de déterminer si d’autres formes du virus SARS-CoV-2 sont susceptibles de le remplacer, en surmontant l’immunité acquise jusqu’à aujourd’hui et en provoquant une énième vague de contaminations au Covid-19. Les candidats sont hélas encore très nombreux. Parmi eux, les variants de la famille « X » : les dénommés XD, XE, XF ou encore XL. 

Tous ont pour particularité d’être des « recombinants ». Des virus qui piochent des segments de génome à différents variants en circulation. « Pour qu’ils apparaissent, il faut d’abord une double contamination. Puis, au sein d’une même cellule, le système de réplication du virus par polymérase entre en action, passe d’un variant à l’autre, copiant un bout de l’un, puis un bout de l’autre », expliquait récemment Samira Fafi-Kremer, responsable du laboratoire de virologie du CHU de Strasbourg, auprès de L’Express. 

La France surveille XD

XD, détecté pour la première fois en janvier, est toujours en cours d’évaluation par les autorités sanitaires françaises en raison de son profil plutôt inquiétant. « La majorité du génome du variant XD correspond au sous-lignage AY.4 (Delta), et une large portion du gène S (codant pour la protéine Spike) correspond au sous-lignage BA.1 (Omicron) », livre la dernière analyse de risque liée aux variants réalisée par Santé publique France, et datée du 23 mars. L’Organisation mondiale de la Santé (OMS) l’a également placé sous surveillance. 

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Lors d’un récent point presse, Santé publique France racontait ainsi avoir observé chez certains malades des symptômes plus proches de ceux ressentis à cause du variant Delta, comme la perte de goût, sans davantage de sévérité. En revanche, « en matière d’interaction avec les anticorps, les caractéristiques sont plus proches d’Omicron dont on connaît l’échappement immunitaire », indiquait une responsable de l’agence. Heureusement, XD ne représentait que 0,1% des contaminations en semaine 10 (du 7 au 13 mars). Et il ne semble pas davantage s’installer depuis. « Il n’y a pas du tout de signal épidémiologique inquiétant pour l’instant. On l’a suivi car il a vraiment un profil très particulier, mais c’est surtout intéressant en science fondamentale », note à son propos le responsable de l’unité de génomique évolutive des virus à ARN à l’Institut Pasteur, Etienne Simon-Lorière, cité par Le Parisien. 

De l’autre côté de la Manche, XE interroge

Comme XD, la souche XF est aussi un savant mélange entre les variants Delta et Omicron. Elle n’a pas été repérée en France, mais au Royaume-Uni, où le séquençage reste très actif. Néanmoins, seuls 38 cas ont été identifiés, et plus aucun depuis la mi-février.  

Sur place, c’est plutôt le baptisé XE – recombinant de BA.1 et BA.2 de la famille Omicron – qui fait l’objet d’un peu plus d’attention. Au 5 avril, quelque 1 179 séquences de cette souche avaient été analysées. Publiée le 8 avril, une étude britannique estime son taux de croissance de 20,9% au cours des trois premières semaines de mars. Ces données restent toutefois à confirmer, et ne présagent en rien la capacité de XE à supplanter le variant BA.2 dont il est finalement très proche. 

On ne sait enfin que peu de choses sur les souches XG, XH, XJ, XK, repérées sporadiquement en Europe, ou même XL, en Corée du Sud, ainsi que XN, XP et XQ, si ce n’est leur composition. 

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En revanche, on sait avec certitude que le Covid-19 réserve encore quelques surprises. « Des expériences de laboratoire suggèrent que ce virus possède de nombreuses solutions pour augmenter sa capacité de contagiosité en modifiant sa protéine spike. Et il existe plein d’autres mutations possibles sur différentes parties du virus », soufflait il y a quelques jours Bruno Canard à L’Express. Et plus le virus continue de circuler, plus il trouve des combinaisons. 

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