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mardi, juillet 5, 2022

Origines du Covid-19 : un virus manipulé, la controverse dans la controverse

Il y a un an, l’hypothèse faisait sourire. Rares étaient ceux qui, à ce moment-là, portaient publiquement l’idée qu’une fuite de laboratoire ait pu être à l’origine de la pire pandémie connue depuis un siècle. D’abord mise en avant par l’ex-président américain Donald Trump, cette thèse aux accents complotistes a, depuis, été reprise par de nombreux scientifiques à travers le monde, qui appellent à ne négliger aucune piste. A ce jour, un « débordement zoonotique » reste considéré comme la cause la plus probable de l’apparition du covid. Mais dix-huit mois après son émergence, la quête d’un animal intermédiaire qui aurait servi de pont entre la chauve-souris et l’Homme, ainsi que la recherche du progéniteur (le parent) direct du SARS-CoV-2 dans la nature, demeurent infructueuses. Dans le même temps, les révélations autour d’un possible échappement accidentel d’un laboratoire se succèdent. Des chercheurs, mais aussi des particuliers férus d’informatique, se sont transformés en véritables limiers pour rassembler les pièces du puzzle, en allant fouiller sur le Net et dans les publications scientifiques les plus pointues. 

Parmi les nombreuses questions toujours sans réponse – s’agit-il d’une zoonose ou d’un accident de laboratoire ? Trouvera-t-on un jour un hôte intermédiaire ? À quelle date le virus a-t-il commencé à circuler ? Quels agents infectieux étaient conservés dans les congélateurs de l’Institut de virologie de Wuhan ? etc. – celle de savoir si le SARS-CoV-2 aurait pu résulter de manipulations n’est pas des moindres. De toutes les controverses, il s’agit même sans doute de celle qui agite le plus vivement les milieux scientifiques. « Pour trancher, il faudrait aller en Chine, éplucher les registres des hôpitaux, les cahiers de laboratoire, interroger les personnels qui y travaillaient, croiser les informations », résume Jean-Claude Manuguerra, virologue et responsable de la cellule d’intervention biologique d’urgence à l’Institut Pasteur. Impossible, bien entendu. À défaut, les scientifiques doivent se contenter d’examiner le virus sous toutes les coutures pour tenter de trouver des arguments confirmant ou infirmant cette thèse. 

« Un des seuls points sur lequel il y a un consensus, note Bruno Canard, spécialiste des coronavirus à l’université de Marseille, c’est que le sars-cov-2 n’a pas été créé de toutes pièces par l’homme. D’abord parce qu’il existe des virus apparentés dans la nature et ensuite parce que personne ne dispose des connaissances scientifiques suffisantes pour faire cela ». En revanche, poursuit ce chercheur, il pourrait tout à fait avoir été modifié par des scientifiques, avant de s’échapper accidentellement. « La manipulation de virus, c’était la nature même des travaux menés par l’Institut de virologie de Wuhan, comme en atteste un article publié en 2017 dans la revue Plos pathogens par ses chercheurs. Il visait à comprendre comment ces agents pathogènes peuvent franchir la barrière d’espèce », rappelle Etienne Decroly, directeur de recherche au CNRS, affilié au même laboratoire que Bruno Canard. 

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Deux hypothèses avec les mêmes arguments

Après l’épidémie de SRAS en 2003, il y avait en effet en Asie, et notamment en Chine, la crainte de voir ressurgir de nouveaux agents pathogènes tout aussi effrayants. Pour prévenir de telles émergences, les scientifiques chinois sont donc partis explorer les grottes où vivent les chauves-souris, réservoirs naturels des coronavirus, pour essayer de savoir si d’autres microbes menaçants y étaient tapis. Une tâche d’une grande complexité. « Il est très difficile de récolter des virus vivants et de les cultiver dans ces conditions. En revanche, on peut trouver des morceaux de génome et les séquencer pour reconstituer un génome viral entier. Ensuite, si l’on veut savoir si les virus correspondants sont dangereux, on en prend un de la même famille que l’on a réussi à cultiver, et on remplace sa protéine Spike par celle du nouveau virus, puisque c’est la clé d’entrée dans les cellules humaines. L’article de 2017 montre clairement que les scientifiques de Wuhan pratiquaient ce type d’expériences », souligne Etienne Decroly.  

Impossible pour autant d’en conclure que le SARS-CoV-2 est le résultat de travaux de ce genre, tant les indices mis au jour par les scientifiques restent difficiles à interpréter. « Le plus étonnant, c’est que les défenseurs des deux thèses, origine naturelle ou virus modifié, utilisent les mêmes observations, mais leur donnent une interprétation totalement différente », sourit Bruno Canard. Première d’entre elles, le Covid-19 ressemble à 96% aux virus apparentés les plus proches découverts à ce jour, mais les 4% de différence portent principalement sur la protéine Spike, justement celle essentielle pour les interactions avec l’hôte. « Cela pourrait suggérer que ce virus est le produit d’une recombinaison (un mélange, NDLR) naturelle entre un virus de chauve-souris proche et quelque chose que l’on n’a pas encore identifié. Alternativement, certains y voient la preuve que des scientifiques ont utilisé un génome proche du SARS-CoV-2 et y ont intégré des séquences génétiques au niveau de la protéine Spike. Et de fait, les deux sont théoriquement possibles », explique le Pr François Balloux, directeur de l’institut de génétique de University College of London (UCL) et spécialiste de l’évolution des agents pathogènes.  

« Des techniques ont été développées au cours des toutes dernières années, qui permettent de faire du clonage ou des changements dans un génome sans laisser de traces »

Tout au début de l’épidémie, certains ont argué que ce virus ne portait pas la signature de manipulations génétiques, y voyant la preuve de son origine naturelle. « Mais en réalité, des techniques ont été développées au cours des toutes dernières années, qui permettent de faire du clonage ou des changements dans un génome sans laisser de traces, pour peu que l’on sache ce que l’on souhaite produire. De même, on peut mettre deux virus en culture, et les laisser se mélanger. Là non plus, on ne verrait pas de traces », indique Etienne Simon-Lorière, virologue et responsable de l’équipe génomique évolutive des virus à ARN à l’Institut Pasteur. 

Interrogations sur la protéine Spike et le codon CGG

Autre observation capitale, ce coronavirus est le seul de la famille des SARS-CoV à posséder sur sa protéine Spike une sorte de passe-partout adapté à l’homme auquel les scientifiques ont donné le nom barbare de « site de clivage par furine ». Un avantage essentiel pour ce virus, car c’est ce qui rend le virus très apte à entrer dans nos cellules. Ce point clé concentre toutes les attentions, certains y voyant là aussi le signe d’une possible manipulation. Cependant, d’autres coronavirus plus éloignés dans l’arbre généalogique de cette grande famille disposent aussi de cette particularité, notamment ceux causant des rhumes, comme le rappelle un récent article paru dans la revue scientifique Nature. Les partisans de l’hypothèse de la zoonose y trouvent donc de leur côté la preuve d’une évolution naturelle. « Mais attention, on sait aussi que de nombreuses équipes un peu partout dans le monde ont déjà inséré des sites furines dans des virus. Cela fait des années que l’on sait que ce type de manipulation aide au franchissement de barrières d’espèces, et favorisent l’infection d’une grande variété de types de cellules », rappelle Etienne Decroly. 

En plongeant encore un peu plus dans les entrailles du virus, il est également apparu que les acides aminés, autrement dit les briques de base qui composent ce site furine, étaient eux-mêmes agencés de façon étonnante : « Ils forment un motif qui n’avait jamais été décrit dans la littérature scientifique concernant des coronavirus. Si jamais quelqu’un avait voulu créer un site furine artificiellement, il aurait joué la sécurité et copié quelque chose déjà connu », assure Etienne Simon-Lorière, à Pasteur. « Personne n’a la capacité computationnelle d’imaginer une séquence de novo, et de dire que cela va rendre un agent pathogène encore plus infectieux. En revanche, bricoler des virus, voir lesquels se transmettent bien dans des cellules ou des animaux en utilisant la sélection naturelle pour optimiser ce qui fonctionne, c’est en principe possible », nuance François Balloux. 

« La question se pose d’autant plus qu’une telle séquence est très fréquemment utilisée par les sociétés qui synthétisent des gènes artificiels »

Des chercheurs sont alors allés plus loin, en étudiant le code génétique utilisé par le virus pour produire ces acides aminés. Là aussi, nouvelle surprise : le code en question (CGG pour les spécialistes) s’avère d’une grande rareté. Plus étonnant encore, dans toute la classe de coronavirus qui comprend le SARS-CoV-2, la combinaison de deux CGG d’affilée, comme c’est le cas dans ce virus, n’avait jamais été observée. À tel point que le Prix Nobel américain David Baltimore a même indiqué, comme le rappelle encore la revue Nature, qu’il y voyait « un pistolet fumant », autrement dit un indice d’une possible manipulation. Depuis, cet éminent scientifique a indiqué qu’il regrettait avoir utilisé ce terme, tout en maintenant que la question du caractère naturel ou manipulé du virus restait ouverte. « Elle se pose d’autant plus qu’une telle séquence est très fréquemment utilisée par les sociétés qui synthétisent des gènes artificiels », précise Etienne Decroly. Les tenants de la thèse zoonotique doivent désormais expliquer pourquoi le SARS-CoV-2 aurait choisi une combinaison inédite. Pour Jean-François Julien, écologue et spécialiste des chauves-souris au Muséum d’histoire naturelle de Paris, « cela a pu se passer par hasard, par le fruit de différentes mutations après avoir tourné dans un certain environnement ». 

Wuhan, lieu de propagation de l’épidémie

Mais de quel environnement parle-t-on au juste ? Il est acté aujourd’hui que le marché aux fruits de mer de Wuhan n’a été qu’un « superpropagateur » dans l’épidémie. L’origine du virus est donc à chercher ailleurs. Le regard des experts se tourne notamment vers la province du Yunnan, au sud de la Chine, qui abrite de grandes colonies de chauves-souris « fer à cheval », porteuses de l’ancêtre le plus proche du SARS-CoV-2. « Dans cette région, note Etienne Decroly, 0,6% des habitants possèdent des anticorps contre les coronavirus. Cela signifie, pour les défenseurs de la zoonose, que des gens sont régulièrement infectés et que des franchissements d’espèces arrivent souvent. Autrement dit, le risque de débordement à l’espèce humaine était grand ». Dans ce cas-là, le virus aurait tourné pendant un certain temps, aurait recombiné, puis une personne se serait rendue à Wuhan, un lieu très peuplé, où une seule infection aurait tout déclenché.  

Mais des scientifiques s’interrogent. Le fait qu’un très grand nombre de personnes aient été infectées dans cette région reculée sans qu’il n’y ait jamais eu d’épidémies importantes pourrait aussi être le signe que ces virus n’ont habituellement pas la capacité de se transmettre d’homme à homme. À l’inverse, la région du Hubei, où se trouvent Wuhan et ses laboratoires de virologie, n’abrite pas de colonies de chauves-souris « fer à cheval ». Comment une épidémie aurait-elle pu partir de Wuhan, alors que ses habitants ne rencontrent jamais de coronavirus de ce type ? Les scientifiques de l’Institut de virologie de Wuhan n’auraient-ils pas pu amener ce virus à Wuhan ? On sait aujourd’hui que le WIV a effectué des prélèvements dans une mine désaffectée du Yunnan à plusieurs reprises entre 2011 et 2015. Dans leurs bagages, ils ont ramené au moins huit betacoronavirus (de la famille du Covid-19), dont RaTG13, le plus proche parent connu à ce jour du SARS-CoV-2. Un virus nouveau mais bel et bien d’origine naturelle aurait donc tout aussi bien pu sortir du laboratoire, et déclencher l’épidémie à Wuhan.  

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Dix-huit mois après l’émergence du covid, le monde a toujours autant de questions, et bien peu de réponses. Nul ne sait si les services de renseignements américains, mandatés par le président Joe Biden pour une enquête sur les origines du Covid-19, trouveront le moyen d’aller explorer les recoins des laboratoires de Wuhan, dont les autorités chinoises tiennent désormais les portes jalousement fermées. En revanche, ils devraient avoir accès aux mails échangés entre le WIV et différentes universités américaines sur leurs expériences. « Peut-être aurons-nous une réponse dans moins de 90 jours, même s’il y a un volet géopolitique que l’on ne maîtrise pas », espère Bruno Canard. Car connaître la genèse de la pandémie serait essentiel pour prévenir les prochaines…  

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