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jeudi, août 18, 2022

Omicron : l’Afrique du Sud est-elle une « usine » à variants ?

Certains pays ont-ils plus de chances que d’autres de voir émerger, au sein de leurs populations, des variants à risques du Covid-19 ? On pourrait être tenté de le croire en regardant l’histoire récente de l’Afrique du Sud. En l’espace de quelques mois, ce pays a vu apparaître deux nouvelles versions préoccupantes du Sars-CoV-2 : Bêta et Omicron. Pour autant, selon la communauté scientifique, il en faudrait plus pour que l’Afrique du Sud puisse être considérée comme une « usine » à variants, même si certaines caractéristiques nationales interpellent.  

Pour expliquer l’apparition d’Omicron et de ses multiples mutations, le même argument revient souvent : la présence du VIH. Sept millions d’individus vivent en effet avec ce virus en Afrique du Sud. Cela représente 12% de la population ou 19% des adultes de 15 à 45 ans. Par ailleurs, le taux de personnes traitées semble relativement faible puisqu’il atteignait 57% en 2017 (dernières données disponibles). « De fait, il existe en Afrique du Sud un nombre important de personnes potentiellement immunodéprimées, commente Olivier Schwartz, directeur de l’unité Virus et immunité à l’Institut Pasteur. Or on sait que des variants peuvent émerger chez ces personnes ». En effet, en temps normal, le virus se multiplie et disparaît de l’organisme en une ou deux semaines. Dans le cas d’une personne immunodéprimée, la contamination peut durer plusieurs mois. C’était le cas par exemple pour une Sud-Africaine de 36 ans atteinte par le VIH et testée positive pour le SARS-CoV-2 pendant 216 jours. 

« Chez les personnes immunodéprimées, la réponse par les anticorps peut manquer d’efficacité et donc le virus va avoir tendance à évoluer. Si des mutations apparaissent, elles peuvent ensuite être transmises à d’autres personnes », détaille Olivier Schwartz. « Cependant, stigmatiser la population atteinte par le VIH serait une erreur », estime le scientifique. Car il existe plusieurs raisons qui peuvent expliquer l’apparition de systèmes immunitaires moins efficaces. Cela peut se produire en raison d’une pathologie. Par exemple, des traitements anticancéreux affaiblissent le système immunitaire. Des personnes peuvent aussi être naturellement plus sensibles à l’infection et donc maintenir le virus plus longtemps. Il ne s’agit donc pas toujours du VIH.  

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Une étude menée par des chercheurs allemands et publiée dans la revue Nature Communications rapporte le cas d’un homme de 58 ans atteint d’une maladie rénale ayant reçu un traitement à base de médicaments immunosuppresseurs. Ce patient était resté positif au Covid pendant plus de six mois. Entre-temps, des mutations du virus avaient fait leur apparition. La même chose s’était produite chez une patiente américaine anciennement atteinte d’un cancer. Son Covid avait duré 355 jours. Un record, avec des mutations inédites à la clé.  

« Blâmer l’Afrique du Sud est injuste »

« Il suffit d’une personne immunodéprimée pour que des mutations apparaissent. Cela peut se produire dans n’importe quel pays. Certains comme l’Inde ont une proposition de personnes séropositives moins élevée qu’en Afrique du Sud, ils ont pourtant produit des variants à risque », commente Olivier Schwartz. « Les mutations observées pour Omicron sont sans doute le résultat d’une évolution qui a eu lieu à l’intérieur d’un seul organisme, avant de se propager dans la population », confie Charity Dean, directrice de The Public Health Company, une société américaine de biotechnologie, sur le site Business Insider. « Cependant, blâmer l’Afrique du Sud est injuste estime le médecin. Car pour l’heure, personne n’est sûr qu’Omicron est bien originaire de ce pays. Nous devrions être reconnaissants envers l’Afrique du Sud qui a fait preuve de transparence en transmettant tout ce qu’elle sait ».  

Cette égalité statistique face aux variants est confirmée par la base de données Gisaid : les mutations apparaissent partout, même en France (souvenez-vous de la version bretonne du Sars-CoV-2, détectée au printemps dernier). Il ne faut pas non plus oublier que si des variants apparaissent c’est aussi en raison d’un niveau élevé de circulation du virus au sein de la population générale. « Si un virus circule activement, alors statistiquement, un variant peut apparaître. L’immunodépression joue un rôle mais on ne sait pas quel est le poids relatif des deux phénomènes » confirme Olivier Schwartz.  

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Si l’Afrique du Sud est actuellement sous les projecteurs, c’est aussi en raison de ses capacités de détection relativement fortes, estiment plusieurs scientifiques. « Depuis longtemps, le pays a mis en place un système de suivi des épidémies, comme le VIH, Ebola ou la tuberculose. Cette capacité à détecter et alerter est aujourd’hui frustrante pour le pays qui doit subir la fermeture des frontières de certains de ses partenaires commerciaux. Mais s’il y a une leçon à en tirer, c’est qu’il faut continuer la vaccination », précise l’un d’entre eux. En Afrique du Sud, un quart seulement de la population est vacciné. Pourtant, les doses ne manquent pas. Selon un décompte récent, il y en aurait seize millions en stock.  

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