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mardi, juillet 5, 2022

Covid-19 : comment fonctionne la nouvelle stratégie française de criblage des variants

C’est une ancienne stratégie pour le criblage des tests positifs. Elle donnait des « suspicions » de variant. Elle a été a abandonnée au profit d’une nouvelle méthode consistant à cibler trois mutations particulières. Mardi, cette nouvelle technique a permis d’avoir des informations plus précises sur la circulation du variant Delta, identifié à l’origine en Inde. Ce variant représente actuellement « entre 2 et 4% des cas positifs » de Covid-19 dépistés en France, a indiqué le ministre de la Santé, Olivier Véran, lors d’un déplacement dans un centre de vaccination à Paris. 

« Actuellement en France, 2 à 4% des tests positifs que nous criblons correspondent à du variant indien, ce qui représente quand même, je donne une fourchette assez large, de l’ordre de 50 à 150 nouveaux diagnostics de variant Delta dans notre pays », a déclaré Olivier Véran. Comme le rappelle Le Parisien, 2 à 4%, c’est beaucoup plus que ce qui était estimé via les enquêtes de séquençage Flash, 0,5% dans celle du 25 mai dernier. 

« C’est peut-être encore peu, mais c’était la situation anglaise il y a quelques semaines », a précisé Olivier Véran, rappelant que le variant Delta « représente plus de 90% des cas en circulation » outre-Manche. Face à la hausse du nombre de cas au Royaume-Uni, le Premier ministre britannique Boris Johnson a annoncé lundi soir le report de la levée des dernières restrictions en Angleterre. 

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La nouvelle stratégie française de criblage systématique par RT-PCR des tests positifs pour le SARS-CoV-2 a été mise en place à partir du 31 mai, précise Santé Publique France. Elle a remplacé une stratégie qui « ne permettait plus un suivi précis de l’évolution des variants d’intérêt », indique Santé Publique France. Autrement dit, finis les « variants », place aux « mutations » pour traquer de façon « plus précise » et « plus réactive » la progression de formes préoccupantes du coronavirus sur le territoire français. 

« Aujourd’hui on observe une variété croissante de variants, qui font que rechercher spécifiquement un, deux ou trois variants ne répond plus au besoin de surveillance de la problématique ‘variants du SARS-CoV-2′ », a expliqué jeudi dernier une responsable de Santé publique France, lors d’un point presse en ligne. « Tout test positif doit toujours donner lieu à un criblage », mais l’idée est désormais « de suivre des mutations d’intérêt qui sont retrouvées dans un nombre important de variants », a poursuivi Sibylle Bernard-Stoecklin de la direction des maladies infectieuses de l’agence publique.  

Les trois mutations retenues, dites « d’intérêt », sont E484K, E484Q et L452R. Présentes notamment sur les variants « Bêta » (repéré pour la première fois en Afrique du Sud), « Gamma » (qui a émergé au Brésil) et « Delta » (la sous-lignée venue d’Inde), elles sont considérées « d »intérêt » car elles peuvent avoir un impact sur l’échappement immunitaire, la transmissibilité ou encore la gravité de l’infection. La liste se limite à trois car « plus on ajoute de mutations dans un kit de criblage, plus la sensibilité diminue », a souligné Sibylle Bernard-Stoecklin. La nouvelle stratégie de criblage par la recherche de mutations d’intérêt « permet un suivi plus réactif de la diffusion des variants porteurs de ces mutations d’intérêt au niveau national et dans les territoires les plus touchés », note Santé Publique France. 

Le criblage consiste à utiliser des kits de dépistage particuliers, qui passent au « crible » les tests PCR positifs pour savoir si le patient est porteur d’une forme préoccupante du virus SARS-CoV-2. Cette méthode a été mise en place en janvier, pour repérer l’émergence du variant « Alpha », identifié pour la première fois au Royaume-Uni en décembre 2020 et désormais majoritaire dans les cas positifs en France. Les kits utilisés ont ensuite été adaptés pour détecter les variants préoccupants « Bêta » et « Gamma », avant l’arrivée du variant « Delta ». 

Les nombreuses limites de la nouvelle stratégie

Cette stratégie permet d’obtenir des résultats plus rapidement que par le séquençage, qui consiste à analyser l’ensemble de l’ARN du virus : si l’ancienne méthode pouvait prendre une semaine, quelques heures seulement sont maintenant nécessaires, rappelle RFI. Mais la nouvelle méthode comporte de nombreuses limites. D’abord, les laboratoires d’analyse français sont équipés de kits différents, qui ne détectent pas tous les mêmes mutations. Ensuite, un résultat positif signifie la « suspicion » de la présence d’un variant préoccupant, mais seul un séquençage permet de s’en assurer. 

Enfin, une même mutation pouvant être présente sur plusieurs variants, un même résultat de criblage pouvait être attribué à des variants différents selon les laboratoires. Par exemple, le variant responsable d’un cluster à Bordeaux fin mai, s’apparentant au variant « Alpha » mais ayant acquis plusieurs mutations supplémentaires, dont la E484Q, pouvait être répertorié abusivement comme variant « Bêta » ou « Gamma », ou en « variant indéterminé » ou en « absence de variant ». Ces dernières semaines, Santé publique France avait averti que les pourcentages de répartition des différents variants préoccupants étaient « à interpréter avec précaution ». 

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Depuis fin mai, les laboratoires ont commencé à s’équiper avec les nouveaux kits de criblage, qui deviendront les seuls autorisés à partir de la mi-juin. Et Santé publique France a cessé depuis jeudi dernier de publier la répartition des variants sur le territoire selon l’ancienne méthode, pour passer à la nouvelle nomenclature. 

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